Keynotes
Céline Brouard, chargée de recherche à l’unité MIAT, INRAE Toulouse
Titre: Graph-based deep learning approaches for phenotype prediction
Simona Cocco, directrice de recherche au laboratoire de Physique de l’ENS Ulm.
Titre: RNA riboswiches: from evolution to design
Programme
9h45-10h : Introduction
10h-10h45 : Graph-based deep learning approaches for phenotype prediction (keynote), Céline Brouard
10h45-11h15 : Discussing gene selection methods based on gene expression data, Myriam Bontonou
11h15-11h45 : coffee break
11h45-12h15 : AttOmics: Attention-based architecture for diagnosis and prognosis from Omics data, Aurélien Beaude
12h15-12h45 : Optimizing data integration improves Gene Regulatory Network inference in Arabidopsis thaliana, Océane Cassan
12h45-14h30 : posters & lunch
14h30-15h15 : RNA riboswiches: from evolution to design (keynote), Simona Cocco
15h15-15h45 : Towards creating longer genetic sequences with GANs: Generation in principal component space, Antoine Szatkownik
15h45-16h15 : coffee break
16h15-16h45 : Guided by an Expert Teacher: Accurate and blazingly fast variant effect prediction using protein language model embeddings, Marina Abakarova
16h45-17h15 : Disentangling Cellular Heterogeneity with Multimodal single-cell Integration, Jules Samaran
Aspects logistiques
Cette rencontre LEGO s’inscrit dans le cadre des journées du GDR BIM qui se tiendront du 20 au 23 novembre 2023 à Lille, sur le campus Cité Scientifique à Villeneuve d’Ascq, desservi par le métro ligne 1.
Elle aura lieu sur le site Inria, 40 avenue Halley, 59650 Villeneuve d’Ascq, à 15 minutes à pieds de la station de métro 4 cantons grand stade (ligne 1). Merci de vous présenter avec une pièce d’identité au bâtiment A en arrivant.
La journée commencera le jeudi 23 novembre à 9h45 et se terminera à 17h15.
Un déjeuner et deux pauses café seront proposés aux personnes inscrites.
Appel à contributions [fermé]
Nous acceptons les résumés de 300 mots ou moins, en français ou en anglais, décrivant des recherches en cours ou publiées récemment sur des sujets de machine learning pour la génomique.
Les membres de l’animation du GT sélectionneront un sous-ensemble des résumés soumis pour des présentations orales, et d’autres pour une présentation sous forme de posters. Les présentations auront lieu en anglais.
Les résumés sont à envoyer ici avant le 20 octobre 2023 (la soumission nécessite de se connecter au site scienceconf).
Inscription
L’événement est gratuit, mais l’inscription obligatoire avant le 8 novembre 2023 pour raisons logistiques:
This LEGO day is part of the GDR BIM days that will take place in Lille, on the Cité Scientifique campus at Villeneuve d’Ascq, reachable by metro line 1.
Call for papers [closed]
We welcome abstracts of up to 300 words, in French or English, on recently published or ongoing research related to machine learning for genomics.
The working group organizers will select a subset of the submitted abstracts for oral presentations (in English), and others for poster presentations.
The deadline is set to October 20th, 2023 and abstracts should be submitted here (submission requires to log in to the scienceconf website).
Registration
The event is free but registration is mandatory before Novembre 8th for logistic reasons: